Added and remove tools from executable

public/biopet-tools-package/src/main/scala/nl/lumc/sasc/biopet/BiopetToolsExecutable.scala

@@ -22,30 +22,31 @@ object BiopetToolsExecutable extends BiopetExecutable {
   def pipelines: List[MainCommand] = Nil
 
   def tools: List[MainCommand] = List(
-    nl.lumc.sasc.biopet.tools.MergeTables,
-    nl.lumc.sasc.biopet.tools.WipeReads,
-    nl.lumc.sasc.biopet.tools.ExtractAlignedFastq,
-    nl.lumc.sasc.biopet.tools.FastqSync,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.AnnotateVcfWithBed,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.BaseCounter,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.BastyGenerateFasta,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.BedtoolsCoverageToCounts,
     nl.lumc.sasc.biopet.tools.BiopetFlagstat,
     nl.lumc.sasc.biopet.tools.CheckAllelesVcfInBam,
-    nl.lumc.sasc.biopet.tools.VcfToTsv,
-    nl.lumc.sasc.biopet.tools.VcfFilter,
-    nl.lumc.sasc.biopet.tools.VcfStats,
-    nl.lumc.sasc.biopet.tools.BaseCounter,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.ExtractAlignedFastq,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.FastqSplitter,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.FastqSync,
     nl.lumc.sasc.biopet.tools.FindRepeatsPacBio,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.GvcfToBed,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.MergeAlleles,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.MergeTables,
     nl.lumc.sasc.biopet.tools.MpileupToVcf,
-    nl.lumc.sasc.biopet.tools.FastqSplitter,
-    nl.lumc.sasc.biopet.tools.BedtoolsCoverageToCounts,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.PrefixFastq,
     nl.lumc.sasc.biopet.tools.SageCountFastq,
-    nl.lumc.sasc.biopet.tools.SageCreateLibrary,
-    nl.lumc.sasc.biopet.tools.SageCreateTagCounts,
-    nl.lumc.sasc.biopet.tools.BastyGenerateFasta,
-    nl.lumc.sasc.biopet.tools.MergeAlleles,
     nl.lumc.sasc.biopet.tools.SamplesTsvToJson,
     nl.lumc.sasc.biopet.tools.SeqStat,
-    nl.lumc.sasc.biopet.tools.VepNormalizer,
-    nl.lumc.sasc.biopet.tools.AnnotateVcfWithBed,
-    nl.lumc.sasc.biopet.tools.VcfWithVcf,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.SquishBed,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.SummaryToTsv,
     nl.lumc.sasc.biopet.tools.ValidateFastq,
-    nl.lumc.sasc.biopet.tools.KrakenReportToJson)
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.VcfFilter,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.VcfStats,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.VcfToTsv,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.VcfWithVcf,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.VepNormalizer,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.WipeReads)
 }