Commit 0477ae44 authored by Peter van 't Hof's avatar Peter van 't Hof
Browse files

Added and remove tools from executable

parent 24aa443b
......@@ -22,30 +22,31 @@ object BiopetToolsExecutable extends BiopetExecutable {
def pipelines: List[MainCommand] = Nil
def tools: List[MainCommand] = List(
nl.lumc.sasc.biopet.tools.MergeTables,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.WipeReads,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.ExtractAlignedFastq,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.FastqSync,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.AnnotateVcfWithBed,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.BaseCounter,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.BastyGenerateFasta,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.BedtoolsCoverageToCounts,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.BiopetFlagstat,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.CheckAllelesVcfInBam,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.VcfToTsv,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.VcfFilter,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.VcfStats,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.BaseCounter,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.ExtractAlignedFastq,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.FastqSplitter,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.FastqSync,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.FindRepeatsPacBio,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.GvcfToBed,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.MergeAlleles,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.MergeTables,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.MpileupToVcf,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.FastqSplitter,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.BedtoolsCoverageToCounts,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.PrefixFastq,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.SageCountFastq,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.SageCreateLibrary,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.SageCreateTagCounts,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.BastyGenerateFasta,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.MergeAlleles,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.SamplesTsvToJson,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.SeqStat,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.VepNormalizer,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.AnnotateVcfWithBed,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.VcfWithVcf,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.SquishBed,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.SummaryToTsv,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.ValidateFastq,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.KrakenReportToJson)
nl.lumc.sasc.biopet.tools.VcfFilter,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.VcfStats,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.VcfToTsv,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.VcfWithVcf,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.VepNormalizer,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.WipeReads)
}
Markdown is supported
0% or .
You are about to add 0 people to the discussion. Proceed with caution.
Finish editing this message first!
Please register or to comment