From 0477ae44132bdcacb9c25d2b7db36824a6c64f8c Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Peter van 't Hof <p.j.van_t_hof@lumc.nl>
Date: Mon, 14 Mar 2016 13:24:18 +0100
Subject: [PATCH] Added and remove tools from executable
---
.../sasc/biopet/BiopetToolsExecutable.scala | 37 ++++++++++---------
1 file changed, 19 insertions(+), 18 deletions(-)
diff --git a/public/biopet-tools-package/src/main/scala/nl/lumc/sasc/biopet/BiopetToolsExecutable.scala b/public/biopet-tools-package/src/main/scala/nl/lumc/sasc/biopet/BiopetToolsExecutable.scala
index b6752961c..5d110be71 100644
--- a/public/biopet-tools-package/src/main/scala/nl/lumc/sasc/biopet/BiopetToolsExecutable.scala
+++ b/public/biopet-tools-package/src/main/scala/nl/lumc/sasc/biopet/BiopetToolsExecutable.scala
@@ -22,30 +22,31 @@ object BiopetToolsExecutable extends BiopetExecutable {
def pipelines: List[MainCommand] = Nil
def tools: List[MainCommand] = List(
- nl.lumc.sasc.biopet.tools.MergeTables,
- nl.lumc.sasc.biopet.tools.WipeReads,
- nl.lumc.sasc.biopet.tools.ExtractAlignedFastq,
- nl.lumc.sasc.biopet.tools.FastqSync,
+ nl.lumc.sasc.biopet.tools.AnnotateVcfWithBed,
+ nl.lumc.sasc.biopet.tools.BaseCounter,
+ nl.lumc.sasc.biopet.tools.BastyGenerateFasta,
+ nl.lumc.sasc.biopet.tools.BedtoolsCoverageToCounts,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.BiopetFlagstat,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.CheckAllelesVcfInBam,
- nl.lumc.sasc.biopet.tools.VcfToTsv,
- nl.lumc.sasc.biopet.tools.VcfFilter,
- nl.lumc.sasc.biopet.tools.VcfStats,
- nl.lumc.sasc.biopet.tools.BaseCounter,
+ nl.lumc.sasc.biopet.tools.ExtractAlignedFastq,
+ nl.lumc.sasc.biopet.tools.FastqSplitter,
+ nl.lumc.sasc.biopet.tools.FastqSync,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.FindRepeatsPacBio,
+ nl.lumc.sasc.biopet.tools.GvcfToBed,
+ nl.lumc.sasc.biopet.tools.MergeAlleles,
+ nl.lumc.sasc.biopet.tools.MergeTables,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.MpileupToVcf,
- nl.lumc.sasc.biopet.tools.FastqSplitter,
- nl.lumc.sasc.biopet.tools.BedtoolsCoverageToCounts,
+ nl.lumc.sasc.biopet.tools.PrefixFastq,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.SageCountFastq,
- nl.lumc.sasc.biopet.tools.SageCreateLibrary,
- nl.lumc.sasc.biopet.tools.SageCreateTagCounts,
- nl.lumc.sasc.biopet.tools.BastyGenerateFasta,
- nl.lumc.sasc.biopet.tools.MergeAlleles,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.SamplesTsvToJson,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.SeqStat,
- nl.lumc.sasc.biopet.tools.VepNormalizer,
- nl.lumc.sasc.biopet.tools.AnnotateVcfWithBed,
- nl.lumc.sasc.biopet.tools.VcfWithVcf,
+ nl.lumc.sasc.biopet.tools.SquishBed,
+ nl.lumc.sasc.biopet.tools.SummaryToTsv,
nl.lumc.sasc.biopet.tools.ValidateFastq,
- nl.lumc.sasc.biopet.tools.KrakenReportToJson)
+ nl.lumc.sasc.biopet.tools.VcfFilter,
+ nl.lumc.sasc.biopet.tools.VcfStats,
+ nl.lumc.sasc.biopet.tools.VcfToTsv,
+ nl.lumc.sasc.biopet.tools.VcfWithVcf,
+ nl.lumc.sasc.biopet.tools.VepNormalizer,
+ nl.lumc.sasc.biopet.tools.WipeReads)
}
--
GitLab