Merged documentation branch changes r90:107 into trunk.

doc/API/api.conf

src/BatchChecker.py

src/Modules/Config.py

src/Modules/Crossmap.py

src/Modules/Db.py

src/Modules/File.py

src/Modules/GBparser.py

src/Modules/GenRecord.py

src/Modules/LRGparser.py

src/Modules/Mapper.py

src/Modules/Misc.py

src/Modules/Mutator.py

src/Modules/Output.py

src/Modules/Parser.py

src/Modules/Retriever.py

src/Modules/Scheduler.py

src/Modules/Serializers.py

src/Modules/Web.py

src/Modules/__init__.py

src/Mutalyzer.py