repeat-extractor.py 580 Bytes
Newer Older
jkvis's avatar
jkvis committed
1 2 3 4 5 6 7 8
#!/usr/bin/env python

from __future__ import unicode_literals

from extractor import *


ref = 'AGCTGTGGGAGGGAGCCAGTGGATTTGGAAACAGAAATGGCTTGGCCTTGCCTGCCTGCCTGCCTGCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCCTCCTGCAATCCTTTAACTTACTGAATAACTCATGATTATGGGCCACCTGCAGGTACCATGCTAG'
9 10
alt = 'AGCTGTGGGAGGGAGCCAGTGGATTTGGAAACAGAAATGGCTTCGCCTTGCCTGCCTGCCTGCCTGCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCGTCCTTCCTTCCCTCCTGCAATCCTATAACTTACTGAATAACTCATGATTATGGGCCACCTGCAGGTACCATGCTAG'
units = ['TCCT', 'GCCT']
jkvis's avatar
jkvis committed
11 12 13 14 15

print 'version:', extractor.VERSION

describe_repeats(ref, alt, units)