Skip to content
GitLab
Menu
Projects
Groups
Snippets
Help
Help
Support
Community forum
Keyboard shortcuts
?
Submit feedback
Contribute to GitLab
Sign in
Toggle navigation
Menu
Open sidebar
Mirrors
biopet.biopet
Commits
a40fb0ff
Commit
a40fb0ff
authored
Nov 23, 2016
by
Sander Bollen
Browse files
test for summary parsing of xcnv file
parent
8de54663
Changes
2
Hide whitespace changes
Inline
Side-by-side
biopet-extensions/src/test/resources/test.xcnv
0 → 100644
View file @
a40fb0ff
SAMPLE CNV INTERVAL KB CHR MID_BP TARGETS NUM_TARG Q_EXACT Q_SOME Q_NON_DIPLOID Q_START Q_STOP MEAN_RD MEAN_ORIG_RD
Sample_01 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
biopet-extensions/src/test/scala/nl/lumc/sasc/biopet/extensions/XhmmTest.scala
0 → 100644
View file @
a40fb0ff
package
nl.lumc.sasc.biopet.extensions
import
java.io.File
import
java.nio.file.Paths
import
nl.lumc.sasc.biopet.extensions.xhmm.XhmmDiscover
import
org.scalatest.Matchers
import
org.scalatest.testng.TestNGSuite
import
org.testng.annotations.Test
/**
* Created by Sander Bollen on 23-11-16.
*/
class
XhmmTest
extends
TestNGSuite
with
Matchers
{
@Test
def
testXcnvSummaryTest
()
=
{
val
file
=
new
File
(
Paths
.
get
(
getClass
.
getResource
(
"/test.xcnv"
).
toURI
).
toString
)
val
cnv
=
new
XhmmDiscover
(
null
)
cnv
.
outputXcnv
=
file
val
stats
=
cnv
.
summaryStats
stats
.
keys
.
toList
.
sorted
shouldBe
List
(
"Sample_01"
,
"Sample_02"
,
"Sample_03"
).
sorted
stats
.
getOrElse
(
"Sample_01"
,
Map
())
shouldBe
Map
(
"DEL"
->
44
,
"DUP"
->
11
)
stats
.
getOrElse
(
"Sample_02"
,
Map
())
shouldBe
Map
(
"DEL"
->
48
,
"DUP"
->
7
)
stats
.
getOrElse
(
"Sample_03"
,
Map
())
shouldBe
Map
(
"DEL"
->
25
,
"DUP"
->
17
)
}
}
Write
Preview
Supports
Markdown
0%
Try again
or
attach a new file
.
Attach a file
Cancel
You are about to add
0
people
to the discussion. Proceed with caution.
Finish editing this message first!
Cancel
Please
register
or
sign in
to comment