test for summary parsing of xcnv file

biopet-extensions/src/test/resources/test.xcnv

+SAMPLE	CNV	INTERVAL	KB	CHR	MID_BP	TARGETS	NUM_TARG	Q_EXACT	Q_SOME	Q_NON_DIPLOID	Q_START	Q_STOP	MEAN_RD	MEAN_ORIG_RD
+Sample_01	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_01	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_02	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DUP	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
+Sample_03	DEL	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA

biopet-extensions/src/test/scala/nl/lumc/sasc/biopet/extensions/XhmmTest.scala

+package nl.lumc.sasc.biopet.extensions
+
+import java.io.File
+import java.nio.file.Paths
+
+import nl.lumc.sasc.biopet.extensions.xhmm.XhmmDiscover
+import org.scalatest.Matchers
+import org.scalatest.testng.TestNGSuite
+import org.testng.annotations.Test
+
+/**
+  * Created by Sander Bollen on 23-11-16.
+  */
+class XhmmTest extends TestNGSuite with Matchers {
+
+  @Test
+  def testXcnvSummaryTest() = {
+    val file = new File(Paths.get(getClass.getResource("/test.xcnv").toURI).toString)
+    val cnv = new XhmmDiscover(null)
+    cnv.outputXcnv = file
+
+    val stats = cnv.summaryStats
+
+    stats.keys.toList.sorted shouldBe List("Sample_01", "Sample_02", "Sample_03").sorted
+
+    stats.getOrElse("Sample_01", Map()) shouldBe Map("DEL" -> 44, "DUP" -> 11)
+    stats.getOrElse("Sample_02", Map()) shouldBe Map("DEL" -> 48, "DUP" -> 7)
+    stats.getOrElse("Sample_03", Map()) shouldBe Map("DEL" -> 25, "DUP" -> 17)
+
+  }
+
+}