Skip to content

GitLab

Commit a40fb0ff authored by Sander Bollen's avatar Sander Bollen
Browse files

test for summary parsing of xcnv file

parent 8de54663
Hide whitespace changes
Inline Side-by-side
Showing with 185 additions and 0 deletions
biopet-extensions/src/test/resources/test.xcnv 0 → 100644
View file @ a40fb0ff
SAMPLE CNV INTERVAL KB CHR MID_BP TARGETS NUM_TARG Q_EXACT Q_SOME Q_NON_DIPLOID Q_START Q_STOP MEAN_RD MEAN_ORIG_RD
Sample_01 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_01 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_02 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DUP NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Sample_03 DEL NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
biopet-extensions/src/test/scala/nl/lumc/sasc/biopet/extensions/XhmmTest.scala 0 → 100644
View file @ a40fb0ff
package nl.lumc.sasc.biopet.extensions
import java.io.File
import java.nio.file.Paths
import nl.lumc.sasc.biopet.extensions.xhmm.XhmmDiscover
import org.scalatest.Matchers
import org.scalatest.testng.TestNGSuite
import org.testng.annotations.Test
/**
* Created by Sander Bollen on 23-11-16.
*/
class XhmmTest extends TestNGSuite with Matchers {
@Test
def testXcnvSummaryTest() = {
val file = new File(Paths.get(getClass.getResource("/test.xcnv").toURI).toString)
val cnv = new XhmmDiscover(null)
cnv.outputXcnv = file
val stats = cnv.summaryStats
stats.keys.toList.sorted shouldBe List("Sample_01", "Sample_02", "Sample_03").sorted
stats.getOrElse("Sample_01", Map()) shouldBe Map("DEL" -> 44, "DUP" -> 11)
stats.getOrElse("Sample_02", Map()) shouldBe Map("DEL" -> 48, "DUP" -> 7)
stats.getOrElse("Sample_03", Map()) shouldBe Map("DEL" -> 25, "DUP" -> 17)
}
}
Markdown is supported
0% or .
You are about to add 0 people to the discussion. Proceed with caution.
Finish editing this message first!
Please register or to comment