From 9ab5109a50ea6c3c3a585f894792fe6b37604f66 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Sander Bollen <a.h.b.bollen@lumc.nl>
Date: Thu, 27 Aug 2015 18:03:50 +0200
Subject: [PATCH] MpileupToVcfTest

---
 .../src/test/resources/chrQ_allN.fa           |   2 +
 .../src/test/resources/chrQ_allN.fa.fai       |   1 +
 .../src/test/resources/paired01.pileup        | 320 ++++++++++++++++++
 .../sasc/biopet/tools/MpileupToVcfTest.scala  |  79 +++++
 4 files changed, 402 insertions(+)
 create mode 100644 public/biopet-framework/src/test/resources/chrQ_allN.fa
 create mode 100644 public/biopet-framework/src/test/resources/chrQ_allN.fa.fai
 create mode 100644 public/biopet-framework/src/test/resources/paired01.pileup
 create mode 100644 public/biopet-framework/src/test/scala/nl/lumc/sasc/biopet/tools/MpileupToVcfTest.scala

diff --git a/public/biopet-framework/src/test/resources/chrQ_allN.fa b/public/biopet-framework/src/test/resources/chrQ_allN.fa
new file mode 100644
index 000000000..f2f89ba9c
--- /dev/null
+++ b/public/biopet-framework/src/test/resources/chrQ_allN.fa
@@ -0,0 +1,2 @@
+>chrQ
+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
diff --git a/public/biopet-framework/src/test/resources/chrQ_allN.fa.fai b/public/biopet-framework/src/test/resources/chrQ_allN.fa.fai
new file mode 100644
index 000000000..b7a558fdb
--- /dev/null
+++ b/public/biopet-framework/src/test/resources/chrQ_allN.fa.fai
@@ -0,0 +1 @@
+chrQ	16571	6	16571	16572
diff --git a/public/biopet-framework/src/test/resources/paired01.pileup b/public/biopet-framework/src/test/resources/paired01.pileup
new file mode 100644
index 000000000..559c87b96
--- /dev/null
+++ b/public/biopet-framework/src/test/resources/paired01.pileup
@@ -0,0 +1,320 @@
+chrQ	50	N	1	^]T	E
+chrQ	51	N	1	A	E
+chrQ	52	N	1	C	F
+chrQ	53	N	1	G	F
+chrQ	54	N	1	T	G
+chrQ	55	N	1	A	G
+chrQ	56	N	1	C	H
+chrQ	57	N	1	G	H
+chrQ	58	N	1	T	I
+chrQ	59	N	1	A$	I
+chrQ	90	N	1	^]a	E
+chrQ	91	N	1	t	E
+chrQ	92	N	1	g	F
+chrQ	93	N	1	c	F
+chrQ	94	N	1	a	G
+chrQ	95	N	1	t	G
+chrQ	96	N	1	g	H
+chrQ	97	N	1	c	H
+chrQ	98	N	1	a	I
+chrQ	99	N	1	t$	I
+chrQ	150	N	1	^]A	G
+chrQ	151	N	1	A	G
+chrQ	152	N	1	A	G
+chrQ	153	N	1	A	G
+chrQ	154	N	1	A	G
+chrQ	155	N	1	G	G
+chrQ	156	N	1	G	G
+chrQ	157	N	1	G	G
+chrQ	158	N	1	G	G
+chrQ	159	N	1	G$	G
+chrQ	190	N	1	^]g	G
+chrQ	191	N	1	g	G
+chrQ	192	N	1	g	G
+chrQ	193	N	1	g	G
+chrQ	194	N	1	g	G
+chrQ	195	N	1	a	G
+chrQ	196	N	1	a	G
+chrQ	197	N	1	a	G
+chrQ	198	N	1	a	G
+chrQ	199	N	1	a$	G
+chrQ	250	N	1	^]A	G
+chrQ	251	N	1	A	G
+chrQ	252	N	1	A	G
+chrQ	253	N	1	A	G
+chrQ	254	N	1	A	G
+chrQ	255	N	1	G	G
+chrQ	256	N	1	G	G
+chrQ	257	N	1	G	G
+chrQ	258	N	1	G	G
+chrQ	259	N	1	G$	G
+chrQ	290	N	1	^]g	G
+chrQ	291	N	1	g	G
+chrQ	292	N	1	g	G
+chrQ	293	N	1	g	G
+chrQ	294	N	1	g	G
+chrQ	295	N	1	a	G
+chrQ	296	N	1	a	G
+chrQ	297	N	1	a	G
+chrQ	298	N	1	a	G
+chrQ	299	N	1	a$	G
+chrQ	450	N	1	^]C	E
+chrQ	451	N	1	G	E
+chrQ	452	N	1	T	F
+chrQ	453	N	1	A	F
+chrQ	454	N	1	C	G
+chrQ	455	N	1	G	G
+chrQ	456	N	1	T	H
+chrQ	457	N	1	A	H
+chrQ	458	N	1	C	I
+chrQ	459	N	1	G$	I
+chrQ	490	N	1	^]g	E
+chrQ	491	N	1	c	E
+chrQ	492	N	1	a	F
+chrQ	493	N	1	t	F
+chrQ	494	N	1	g	G
+chrQ	495	N	1	c	G
+chrQ	496	N	1	a	H
+chrQ	497	N	1	t	H
+chrQ	498	N	1	g	I
+chrQ	499	N	1	c$	I
+chrQ	650	N	1	^]T	H
+chrQ	651	N	1	T	H
+chrQ	652	N	1	T	H
+chrQ	653	N	1	T	H
+chrQ	654	N	1	T	H
+chrQ	655	N	1	C	H
+chrQ	656	N	1	C	H
+chrQ	657	N	1	C	H
+chrQ	658	N	1	C	H
+chrQ	659	N	1	C$	H
+chrQ	690	N	1	^]c	H
+chrQ	691	N	1	c	H
+chrQ	692	N	1	c	H
+chrQ	693	N	1	c	H
+chrQ	694	N	1	c	H
+chrQ	695	N	1	t	H
+chrQ	696	N	1	t	H
+chrQ	697	N	1	t	H
+chrQ	698	N	1	t	H
+chrQ	699	N	1	t$	H
+chrQ	890	N	1	^]T	E
+chrQ	891	N	1	A	E
+chrQ	892	N	1	C	F
+chrQ	893	N	1	G	F
+chrQ	894	N	1	T	G
+chrQ	895	N	1	>	G
+chrQ	896	N	1	>	G
+chrQ	897	N	1	>	G
+chrQ	898	N	1	>	G
+chrQ	899	N	1	>	G
+chrQ	900	N	1	>	G
+chrQ	901	N	1	>	G
+chrQ	902	N	1	>	G
+chrQ	903	N	1	>	G
+chrQ	904	N	1	>	G
+chrQ	905	N	1	>	G
+chrQ	906	N	1	>	G
+chrQ	907	N	1	>	G
+chrQ	908	N	1	>	G
+chrQ	909	N	1	>	G
+chrQ	910	N	1	>	G
+chrQ	911	N	1	>	G
+chrQ	912	N	1	>	G
+chrQ	913	N	1	>	G
+chrQ	914	N	1	>	G
+chrQ	915	N	1	>	G
+chrQ	916	N	1	>	G
+chrQ	917	N	1	>	G
+chrQ	918	N	1	>	G
+chrQ	919	N	1	>	G
+chrQ	920	N	1	>	G
+chrQ	921	N	1	>	G
+chrQ	922	N	1	>	G
+chrQ	923	N	1	>	G
+chrQ	924	N	1	>	G
+chrQ	925	N	1	>	G
+chrQ	926	N	1	>	G
+chrQ	927	N	1	>	G
+chrQ	928	N	1	>	G
+chrQ	929	N	1	>	G
+chrQ	930	N	1	>	G
+chrQ	931	N	1	>	G
+chrQ	932	N	1	>	G
+chrQ	933	N	1	>	G
+chrQ	934	N	1	>	G
+chrQ	935	N	1	>	G
+chrQ	936	N	1	>	G
+chrQ	937	N	1	>	G
+chrQ	938	N	1	>	G
+chrQ	939	N	1	>	G
+chrQ	940	N	1	>	G
+chrQ	941	N	1	>	G
+chrQ	942	N	1	>	G
+chrQ	943	N	1	>	G
+chrQ	944	N	1	>	G
+chrQ	945	N	1	>	G
+chrQ	946	N	1	>	G
+chrQ	947	N	1	>	G
+chrQ	948	N	1	>	G
+chrQ	949	N	1	>	G
+chrQ	950	N	1	>	G
+chrQ	951	N	1	>	G
+chrQ	952	N	1	>	G
+chrQ	953	N	1	>	G
+chrQ	954	N	1	>	G
+chrQ	955	N	1	>	G
+chrQ	956	N	1	>	G
+chrQ	957	N	1	>	G
+chrQ	958	N	1	>	G
+chrQ	959	N	1	>	G
+chrQ	960	N	1	>	G
+chrQ	961	N	1	>	G
+chrQ	962	N	1	>	G
+chrQ	963	N	1	>	G
+chrQ	964	N	1	>	G
+chrQ	965	N	1	>	G
+chrQ	966	N	1	>	G
+chrQ	967	N	1	>	G
+chrQ	968	N	1	>	G
+chrQ	969	N	1	>	G
+chrQ	970	N	1	>	G
+chrQ	971	N	1	>	G
+chrQ	972	N	1	>	G
+chrQ	973	N	1	>	G
+chrQ	974	N	1	>	G
+chrQ	975	N	1	>	G
+chrQ	976	N	1	>	G
+chrQ	977	N	1	>	G
+chrQ	978	N	1	>	G
+chrQ	979	N	1	>	G
+chrQ	980	N	1	>	G
+chrQ	981	N	1	>	G
+chrQ	982	N	1	>	G
+chrQ	983	N	1	>	G
+chrQ	984	N	1	>	G
+chrQ	985	N	1	>	G
+chrQ	986	N	1	>	G
+chrQ	987	N	1	>	G
+chrQ	988	N	1	>	G
+chrQ	989	N	1	>	G
+chrQ	990	N	1	>	G
+chrQ	991	N	1	>	G
+chrQ	992	N	1	>	G
+chrQ	993	N	1	>	G
+chrQ	994	N	1	>	G
+chrQ	995	N	1	>	G
+chrQ	996	N	1	>	G
+chrQ	997	N	1	>	G
+chrQ	998	N	1	>	G
+chrQ	999	N	1	>	G
+chrQ	1000	N	1	>	G
+chrQ	1001	N	1	>	G
+chrQ	1002	N	1	>	G
+chrQ	1003	N	1	>	G
+chrQ	1004	N	1	>	G
+chrQ	1005	N	1	>	G
+chrQ	1006	N	1	>	G
+chrQ	1007	N	1	>	G
+chrQ	1008	N	1	>	G
+chrQ	1009	N	1	>	G
+chrQ	1010	N	1	>	G
+chrQ	1011	N	1	>	G
+chrQ	1012	N	1	>	G
+chrQ	1013	N	1	>	G
+chrQ	1014	N	1	>	G
+chrQ	1015	N	1	>	G
+chrQ	1016	N	1	>	G
+chrQ	1017	N	1	>	G
+chrQ	1018	N	1	>	G
+chrQ	1019	N	1	>	G
+chrQ	1020	N	1	>	G
+chrQ	1021	N	1	>	G
+chrQ	1022	N	1	>	G
+chrQ	1023	N	1	>	G
+chrQ	1024	N	1	>	G
+chrQ	1025	N	1	>	G
+chrQ	1026	N	1	>	G
+chrQ	1027	N	1	>	G
+chrQ	1028	N	1	>	G
+chrQ	1029	N	1	>	G
+chrQ	1030	N	1	>	G
+chrQ	1031	N	1	>	G
+chrQ	1032	N	1	>	G
+chrQ	1033	N	1	>	G
+chrQ	1034	N	1	>	G
+chrQ	1035	N	1	>	G
+chrQ	1036	N	1	>	G
+chrQ	1037	N	1	>	G
+chrQ	1038	N	1	>	G
+chrQ	1039	N	1	>	G
+chrQ	1040	N	1	>	G
+chrQ	1041	N	1	>	G
+chrQ	1042	N	1	>	G
+chrQ	1043	N	1	>	G
+chrQ	1044	N	1	>	G
+chrQ	1045	N	1	>	G
+chrQ	1046	N	1	>	G
+chrQ	1047	N	1	>	G
+chrQ	1048	N	1	>	G
+chrQ	1049	N	1	>	G
+chrQ	1050	N	1	>	G
+chrQ	1051	N	1	>	G
+chrQ	1052	N	1	>	G
+chrQ	1053	N	1	>	G
+chrQ	1054	N	1	>	G
+chrQ	1055	N	1	>	G
+chrQ	1056	N	1	>	G
+chrQ	1057	N	1	>	G
+chrQ	1058	N	1	>	G
+chrQ	1059	N	1	>	G
+chrQ	1060	N	1	>	G
+chrQ	1061	N	1	>	G
+chrQ	1062	N	1	>	G
+chrQ	1063	N	1	>	G
+chrQ	1064	N	1	>	G
+chrQ	1065	N	1	>	G
+chrQ	1066	N	1	>	G
+chrQ	1067	N	1	>	G
+chrQ	1068	N	1	>	G
+chrQ	1069	N	1	>	G
+chrQ	1070	N	1	>	G
+chrQ	1071	N	1	>	G
+chrQ	1072	N	1	>	G
+chrQ	1073	N	1	>	G
+chrQ	1074	N	1	>	G
+chrQ	1075	N	1	>	G
+chrQ	1076	N	1	>	G
+chrQ	1077	N	1	>	G
+chrQ	1078	N	1	>	G
+chrQ	1079	N	1	>	G
+chrQ	1080	N	1	>	G
+chrQ	1081	N	1	>	G
+chrQ	1082	N	1	>	G
+chrQ	1083	N	1	>	G
+chrQ	1084	N	1	>	G
+chrQ	1085	N	1	>	G
+chrQ	1086	N	1	>	G
+chrQ	1087	N	1	>	G
+chrQ	1088	N	1	>	G
+chrQ	1089	N	1	>	G
+chrQ	1090	N	1	>	G
+chrQ	1091	N	1	>	G
+chrQ	1092	N	1	>	G
+chrQ	1093	N	1	>	G
+chrQ	1094	N	1	>	G
+chrQ	1095	N	1	A	G
+chrQ	1096	N	1	C	H
+chrQ	1097	N	1	G	H
+chrQ	1098	N	1	T	I
+chrQ	1099	N	1	A$	I
+chrQ	1140	N	1	^]a	E
+chrQ	1141	N	1	t	E
+chrQ	1142	N	1	g	F
+chrQ	1143	N	1	c	F
+chrQ	1144	N	1	a	G
+chrQ	1145	N	1	t	G
+chrQ	1146	N	1	g	H
+chrQ	1147	N	1	c	H
+chrQ	1148	N	1	a	I
+chrQ	1149	N	1	t$	I
diff --git a/public/biopet-framework/src/test/scala/nl/lumc/sasc/biopet/tools/MpileupToVcfTest.scala b/public/biopet-framework/src/test/scala/nl/lumc/sasc/biopet/tools/MpileupToVcfTest.scala
new file mode 100644
index 000000000..6f6fef89b
--- /dev/null
+++ b/public/biopet-framework/src/test/scala/nl/lumc/sasc/biopet/tools/MpileupToVcfTest.scala
@@ -0,0 +1,79 @@
+package nl.lumc.sasc.biopet.tools
+
+import java.io.File
+import java.nio.file.Paths
+
+import htsjdk.samtools.reference.IndexedFastaSequenceFile
+import htsjdk.variant.variantcontext.Allele
+import htsjdk.variant.vcf.VCFFileReader
+import org.scalatest.Matchers
+import org.scalatest.mock.MockitoSugar
+import org.scalatest.testng.TestNGSuite
+import org.testng.annotations.Test
+
+import scala.collection.JavaConversions._
+
+
+/**
+ * Created by ahbbollen on 27-8-15.
+ */
+class MpileupToVcfTest extends TestNGSuite with MockitoSugar with Matchers {
+
+  import MpileupToVcf._
+  private def resourcePath(p: String): String = {
+    Paths.get(getClass.getResource(p).toURI).toString
+  }
+
+  val pileup = resourcePath("/paired01.pileup")
+
+  @Test
+  def testMain() = {
+    val tmp = File.createTempFile("mpileup", ".vcf")
+    val args = Array("-I", pileup, "--sample", "test", "-o", tmp.getAbsolutePath)
+
+    main(args)
+  }
+
+  @Test
+  def validateOutVcf() = {
+    val tmp = File.createTempFile("mpileup", ".vcf")
+    val args = Array("-I", pileup, "--sample", "test", "-o", tmp.getAbsolutePath, "--minDP", "1", "--minAP", "1")
+    main(args)
+
+    val vcfReader = new VCFFileReader(tmp, false)
+
+    // VariantContexts validate on creation
+    // therefore we just have to loop through them
+
+    vcfReader.foreach(_ => 1)
+
+  }
+
+  @Test
+  def extraValidateOutVcf() = {
+    val tmp = File.createTempFile("mpileup", ".vcf")
+    val args = Array("-I", pileup, "--sample", "test", "-o", tmp.getAbsolutePath, "--minDP", "1" ,"--minAP", "1")
+    main(args)
+
+    val vcfReader = new VCFFileReader(tmp, false)
+
+    val fasta = resourcePath("/chrQ_allN.fa")
+
+    val sequenceFile = new IndexedFastaSequenceFile(new File(fasta))
+    val sequenceDict = sequenceFile.getSequenceDictionary
+
+    for (record <- vcfReader) {
+      val alleles = record.getAlleles.toSet
+      var ref_alleles = alleles -- record.getAlternateAlleles.toSet
+
+      ref_alleles.size should be >= 1
+
+      val realRef = Allele.create(sequenceFile.getSubsequenceAt(record.getContig,
+        record.getStart, record.getEnd).getBases, true)
+
+      for (ref <- ref_alleles) {
+        record.extraStrictValidation(ref, realRef, Set(""))
+      }
+    }
+  }
+}
-- 
GitLab