Move pipelines and tools separated value

biopet-framework/src/main/scala/nl/lumc/sasc/biopet/core/BiopetExecutable.scala

 package nl.lumc.sasc.biopet.core
 
-import java.io.File
 import java.util.Properties
-import nl.lumc.sasc.biopet.core.config.Config
 import org.apache.log4j.Logger
 
 object BiopetExecutable extends Logging {
 
+  val pipelines: List[MainCommand] = List(
+    nl.lumc.sasc.biopet.pipelines.flexiprep.Flexiprep,
+    nl.lumc.sasc.biopet.pipelines.mapping.Mapping,
+    nl.lumc.sasc.biopet.pipelines.gentrap.Gentrap,
+    nl.lumc.sasc.biopet.pipelines.bammetrics.BamMetrics,
+    nl.lumc.sasc.biopet.pipelines.gatk.GatkBenchmarkGenotyping,
+    nl.lumc.sasc.biopet.pipelines.gatk.GatkGenotyping,
+    nl.lumc.sasc.biopet.pipelines.gatk.GatkVariantcalling,
+    nl.lumc.sasc.biopet.pipelines.gatk.GatkPipeline,
+    nl.lumc.sasc.biopet.pipelines.gatk.GatkVariantRecalibration,
+    nl.lumc.sasc.biopet.pipelines.gatk.GatkVcfSampleCompare,
+    nl.lumc.sasc.biopet.pipelines.sage.Sage,
+    nl.lumc.sasc.biopet.pipelines.basty.Basty,
+    nl.lumc.sasc.biopet.pipelines.yamsvp.Yamsvp)
+
+  val tools: List[MainCommand] = List(
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.WipeReads,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.ExtractAlignedFastq,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.BiopetFlagstat,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.CheckAllelesVcfInBam,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.VcfToTsv,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.VcfFilter,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.FindRepeatsPacBio,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.BedToInterval,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.MpileupToVcf,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.FastqSplitter,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.BedtoolsCoverageToCounts,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.SageCountFastq,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.SageCreateLibrary,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.SageCreateTagCounts,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.BastyGenerateFasta,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.MergeAlleles,
+    nl.lumc.sasc.biopet.tools.SamplesTsvToJson)
+
   val modules: Map[String, List[MainCommand]] = Map(
-    "pipeline" -> List(
-      nl.lumc.sasc.biopet.pipelines.flexiprep.Flexiprep,
-      nl.lumc.sasc.biopet.pipelines.mapping.Mapping,
-      nl.lumc.sasc.biopet.pipelines.gentrap.Gentrap,
-      nl.lumc.sasc.biopet.pipelines.bammetrics.BamMetrics,
-      nl.lumc.sasc.biopet.pipelines.gatk.GatkBenchmarkGenotyping,
-      nl.lumc.sasc.biopet.pipelines.gatk.GatkGenotyping,
-      nl.lumc.sasc.biopet.pipelines.gatk.GatkVariantcalling,
-      nl.lumc.sasc.biopet.pipelines.gatk.GatkPipeline,
-      nl.lumc.sasc.biopet.pipelines.gatk.GatkVariantRecalibration,
-      nl.lumc.sasc.biopet.pipelines.gatk.GatkVcfSampleCompare,
-      nl.lumc.sasc.biopet.pipelines.sage.Sage,
-      nl.lumc.sasc.biopet.pipelines.basty.Basty,
-      nl.lumc.sasc.biopet.pipelines.yamsvp.Yamsvp),
-    "tool" -> List(
-      nl.lumc.sasc.biopet.tools.WipeReads,
-      nl.lumc.sasc.biopet.tools.ExtractAlignedFastq,
-      nl.lumc.sasc.biopet.tools.BiopetFlagstat,
-      nl.lumc.sasc.biopet.tools.CheckAllelesVcfInBam,
-      nl.lumc.sasc.biopet.tools.VcfToTsv,
-      nl.lumc.sasc.biopet.tools.VcfFilter,
-      nl.lumc.sasc.biopet.tools.FindRepeatsPacBio,
-      nl.lumc.sasc.biopet.tools.BedToInterval,
-      nl.lumc.sasc.biopet.tools.MpileupToVcf,
-      nl.lumc.sasc.biopet.tools.FastqSplitter,
-      nl.lumc.sasc.biopet.tools.BedtoolsCoverageToCounts,
-      nl.lumc.sasc.biopet.tools.SageCountFastq,
-      nl.lumc.sasc.biopet.tools.SageCreateLibrary,
-      nl.lumc.sasc.biopet.tools.SageCreateTagCounts,
-      nl.lumc.sasc.biopet.tools.BastyGenerateFasta,
-      nl.lumc.sasc.biopet.tools.MergeAlleles,
-      nl.lumc.sasc.biopet.tools.SamplesTsvToJson)
+    "pipeline" -> pipelines,
+    "tool" -> tools
   )
 
   /**