diff --git a/generate-indexes/src/main/scala/nl/lumc/sasc/biopet/pipelines/generateindexes/GenerateIndexes.scala b/generate-indexes/src/main/scala/nl/lumc/sasc/biopet/pipelines/generateindexes/GenerateIndexes.scala
index 2fa39920c21239b3ad0715b0d4ec7ca89af180ee..67cb841164f5b2e5fc9a03f40a7dd47cb0baa79a 100644
--- a/generate-indexes/src/main/scala/nl/lumc/sasc/biopet/pipelines/generateindexes/GenerateIndexes.scala
+++ b/generate-indexes/src/main/scala/nl/lumc/sasc/biopet/pipelines/generateindexes/GenerateIndexes.scala
@@ -193,6 +193,7 @@ class GenerateIndexes(val root: Configurable) extends QScript with BiopetQScript
 
           cv.out = new File(annotationDir, "dbsnp.vcf.gz")
           add(cv)
+          outputConfig += "dbsnp" -> cv.out
         }
 
         // Bwa index