Commit 106655c8 authored by Laros's avatar Laros
Browse files

Final presentation MetaFor.

parent b545c1a3
../../submodules/presentation-pics/pics/krona_bacteria_L.svg
\ No newline at end of file
../../submodules/presentation-pics/pics/krona_plot.svg
\ No newline at end of file
../../submodules/presentation-pics/pics/krona_root_L.svg
\ No newline at end of file
# Titel
MetaFor staat voor "Metagenomic analysis of forensic biological traces"
- Project loopt nog.
- Niet mijn werk, Lusine Khachatryan.
# Slide 1
Aanleiding voor dit onderzoek:
- Klassieke methode, er wordt gekeken naar de lengte van specifieke DNA
fragmenten.
- Leidt tot een piekenpatroon dat uniek is voor een persoon.
- Nadeel is dat er vaak (zeer) weinig humaan DNA aanwezig is, contactsporen.
## overlay
Tegenwoordig kunnen wij alles sequencen.
- Al het DNA wordt door een machine afgelezen.
- Alle uitvoer kan worden geclassificeerd.
# Slide 2
Dit stelt ons in staat om ook naar het niet-humane DNA te kijken.
- Metagenomen zijn relatief stabiel.
- Metagenomen zijn uniek voor een persoon.
Doelen zijn het bepalen van de samenstelling en complexiteit van het
metagenoom.
- Samenstelling, wat weten we van het bekende DNA (dit plaatje).
- Overigens het metagenoom van mijn eigen duim.
- Complexiteit, wat kunnen we met al het onbekende DNA?
- Vergelijking van metagenomen.
# Slide 3
De techniek die wij gebruiken maakt profielen van DNA. Dit kunnen hele datasets
zijn, maar ook individuele stukjes DNA.
## overlay
- Deze profielen zijn te vergelijken met vingerafdrukken.
- We kunnen bepalen in hoeverre deze profielen op elkaar lijken, dus niet
alleen of ze precies hetzelfde zijn, maar we kunnen een gradatie aanbrengen.
## overlay
- Aan de hand van deze vergelijkingen kunnen we plaatjes maken waarin
vergelijkbare profielen clusters vormen.
- Deze techniek hebben we toegepast op hele datasets.
- We kunnen metagenomen toewijzen aan hun eigenaar.
- We kunnen personen volgen in de tijd.
De kracht van deze techniek is dat we zowel het bekende als het onbekende DNA
kunnen gebruiken.
# Slide 4
We kunnen deze profielen ook gebruiken om binnen een dataset verschillende
organismen te identificeren. Tevens is dit een proof of concept.
In het middelste plaatje zien we een mix van bekende bacteriën. Onze techniek
classificeert deze organismen.
Het resultaat is in het onderste plaatje te zien, het meeste DNA is correct
geclassificeerd.
# Slide 5
Vanwege de generieke aanpak kunnen we deze techniek niet alleen toepassen
binnen forensics, maar ook:
- Infectieziekten, het detecteren van onbekende organismen in mensen.
- Metabool syndroom. Ook hier zijn er sterke aanwijzingen dat het metageoom (in
dit geval van de darmen) een rol speelt.
- Reumatoïde artritis, er is een correlatie gevonden tussen het microbioom van
de mondholte en de darmen en het verloop van deze ziekte.
# Slide 6
Een aantal vragen die met name voor forensics van toepassing zijn.
- Hoe stabiel is het metagenoom? Hoe lang kan het gebruikt worden voor
identificatie van een persoon.
- Is er een stabiele kern die langer gebruikt kan worden?
Zijn er juridische of ethische bezwaren?
- Wat doen we als we een ziekteverwekker vinden?
......@@ -22,7 +22,7 @@
% First page of the presentation.
\section{MetaFor}
\subsection{Introduction}
\subsection{Introductie}
% 1. Wat was de aanleiding van het onderzoek? Wat was de problematiek?
%
% Forensisch DNA onderzoek, identificatie van personen.
......@@ -58,13 +58,14 @@
$\Downarrow$
\includegraphics[trim=0 0 6cm 0, clip, width=0.8\textwidth]{krona_plot}
\includegraphics[trim=0 0 6cm 0, clip, width=0.8\textwidth]
{krona_root_L}
\end{center}
\end{figure}
\end{minipage}
\end{pframe}
\subsection{Goals}
\subsection{Doelen}
% 2. Wat waren de doelen van het onderzoek?
%
% Analyse van het metagenoom.
......@@ -73,21 +74,21 @@
% referentiedata).
% - Vergelijking met klassieke methoden.
\begin{pframe}
\includegraphics[width=\textwidth]{krona_plot}
\includegraphics[width=\textwidth]{krona_bacteria_L}
\begin{picture}(0, 0)
\put(-30, 60){
\put(-40, 70){
\begin{minipage}[t]{0.45\textwidth}
Metagenome analysis:
Metagenoomanalyse:
\begin{itemize}
\item Content.
\item Complexity.
\item Samenstelling.
\item Complexiteit.
\end{itemize}
\end{minipage}
}
\end{picture}
\end{pframe}
\subsection{Research}
\subsection{Methoden en analyses}
% 3. Welk wetenschappelijk bewijs is in uw onderzoek verzameld en geanalyseerd?
\begin{pframe}
\begin{minipage}[t]{0.45\textwidth}
......@@ -124,7 +125,7 @@
\includegraphics[trim=51cm 0 0 0, clip, width=\textwidth]
{tSNE_real_data}
\end{center}
Similar fingerprints form clusters.
Vergelijkbare ``vingerafdrukken'' vormen clusters.
\end{figure}
}%
\end{minipage}
......@@ -132,7 +133,23 @@
%- Artificiele mengsels.
\end{pframe}
\subsection{Applications}
\begin{pframe}
\begin{center}
\includegraphics[trim=51cm 0 0 0, clip, height=0.35\textheight]
{tSNE_real_data}
\hfill
\includegraphics[trim=0 0 50cm 0, clip, height=0.35\textheight]{tSNE_mix}
\hfill
\includegraphics[trim=25cm 0 25cm 0, clip, height=0.35\textheight]
{tSNE_real_simple}
$\Downarrow$
\includegraphics[height=0.35\textheight]{tSNE_classification}
\end{center}
\end{pframe}
\subsection{Applicaties}
% 4. Wie kan met dit bewijs aan de slag en wat is daar voor nodig?
\begin{pframe}
\begin{minipage}[t]{0.40\textwidth}
......@@ -159,10 +176,20 @@
\end{minipage}
\end{pframe}
\subsection{Further research}
\subsection{Nieuwe vragen}
% 5. Welke nieuwe vragen komen uit uw onderzoek naar voren?
\begin{pframe}
Stabiliteit van het metagenoom:
\begin{itemize}
\item Hoe lang is een metagenoom stabiel?
\item Is er een stabiele kern?
\end{itemize}
\bigskip
Juridisch en ethische bezwaren:
\begin{itemize}
\item Wat doen we met gevonden pathogenen?
\end{itemize}
\end{pframe}
% Make the acknowledgements slide.
......
../../submodules/presentation-pics/pics/tSNE_classification.png
\ No newline at end of file
../../submodules/presentation-pics/pics/tSNE_mix.png
\ No newline at end of file
../../submodules/presentation-pics/pics/tSNE_real_simple.png
\ No newline at end of file
Subproject commit 050ea436c2b96c0a78acc6fb68ce99897985dfb8
Subproject commit d9bfb3518b162006000138cc646b614a7bdc60b4
Markdown is supported
0% or .
You are about to add 0 people to the discussion. Proceed with caution.
Finish editing this message first!
Please register or to comment