Update pdf report
Report
General
-
The results of the various genes should be sorted alphabetically, so that it is easier to find a gene in the PDF report
Table of content
Deze volgorde van contents willen we graag:
-
Table of Contents -
Basic Information -
Genes of interest -
Sequencing Results -
Alignment Statistics -
Annotation Statistics -
Results Overview -
Variant Calling Results: de varianten graag op alfabetische volgorde in dit hoofdstuk -
Fusion Detection Results -
ITD/PTD Detection Results -
Overexpression Analysis Results -
About
Table 3 | High-impact variants in genes of interest
In results overview staat een tabel met high-impact variants in genes of interest. Wanneer wordt een variant geclassificeerd als high-impact? Kunnen jullie van de gevonden high-impact varianten deze kolommen weergeven in deze tabel:
-
Gene -
HGVS cDNA variant (ENST nr hoeft er niet bij) -
VAF -
Hotspot regio (yes or no) -
Class (in suppl table SVII van het artikel van Wibowo staat de class erbij, deze willen we ook graag zien. Of zijn alle high-impact varianten die in deze tabel komen class A?) -
p-value
Variant Calls report
-
How is the p-value of a variant defined? -
If there are more than 3 variants in a single gene, duplicate the plot to make sure all results are visible
Exon statistics of transcript
-
What is the likelihood to get a 'no variant' result for a variant withAF=0.1
, given the mean and stdev of the coverage